4 октября 2001 года над Черным морем в самолет Ту-154 российской авиакомпании "Сибирь", который выполнял рейс Тель-Авив - Новосибирск попала украинская ракета С-200, выпущенная во время учений войск украинской ПВО в Крыму. Погибли 78 человек - 66 пассажиров и 12 членов экипажа.

24 августа 2004 года в 22.53 мск. самолет Ту-154 авиакомпании "Сибирь", выполнявший рейс 1047 Москва - Сочи из Домодедово потерпел катастрофу в 138 км от Ростова-на-Дону. На борту самолета находились 46 пассажиров, включая восемь членов экипажа, все они погибли. Причиной катастрофы был теракт.

В ночь с 8 на 9 июля 2006 года авиалайнер A310 авиакомпании S7, (ранее "Сибирь") выполнявший рейс номер 778 Москва - Иркутск, потерпел крушение при посадке в аэропорту Иркутска в 07.44 по местному времени. По данным пресс-службы аэропорта Домодедово, из которого вылетел самолет, на его борту находились 193 пассажира и девять членов экипажа. По данным ОАО "Авиакомпания "Сибирь"", которой принадлежит разбившийся самолет, на борту A-310 были 200 человек (192 пассажира и 8 членов экипажа).

Некоторые аварии самолетов авиакомпании "Сибирь", окончившиеся без жертв:

18 ноября 1999 года авиалайнер авиакомпании "Сибирь" Ту-154 с пассажирами на борту выполнял рейс по маршруту Петропавловск-Камчатский - Благовещенск - Новосибирск - Краснодар. При плановой посадке в Благовещенске у самолета, совершавшего маневр на взлетно-посадочной полосе, была выявлена неисправность в стойке шасси. Никто из 130 пассажиров лайнера не пострадал. Подобного рода аварии, по словам советника директора Федеральной службы воздушного транспорта Владимира Цацука, случаются достаточно часто.

24 января 2001 года в Новосибирске совершил аварийную посадку неисправный Ту-154 авиакомпании "Сибирь", следовавший рейсом Иркутск-Москва. Самолет вылетел из Иркутска в Москву рейсом 777 в 04.37 мск. Через 40 минут после взлета командир корабля сообщил наземной диспетчерской службе, что отказала правая стойка шасси, которая не фиксировалась при закрывании. На борту самолета находились 80 пассажиров и 9 членов экипажа. Было принято решение выработать горючее и произвести посадку в аэропорту Новосибирска. Никто не пострадал.

23 марта 2001 года во "Внуково" при чрезвычайных обстоятельствах произвел аварийную посадку самолет Ту-204, принадлежащий авиакомпании "Сибирь", с 61 пассажиром на борту и 4 членами экипажа. Через несколько минут после взлета, едва набрав расчетную высоту, лайнер внезапно начал резко снижаться. Аварийная посадка была "жесткой", 4 пасажиров были госпитализированы с различными травмами. По одной из версий технических служб, авиалайнер не был обработан составом "антилед", и у экипажа возникли проблемы с управлением закрылками.

В январе 2002 года в Женеве, когда самолет авиакомпании "Сибирь" Ту-204, возвращавшийся из Швейцарии в Москву, пошел на взлет, произошла разгерметизация салона. На борту самолета не оказалось кислородных масок, но самолет успели посадить. Никто не пострадал.

14 января 2002 года Ту-204 авиакомпании "Сибирь", совершавший рейс Франкфурт - Новосибирск, совершил аварийную посадку в аэропорту Омска. При заходе на посадку пилоты заметили, что из-за сильного бокового ветра лайнер может сесть мимо взлетной полосы. Поскольку запас топлива подходил к концу, экипаж не пошел на второй заход и посадил самолет, который, проехав по взлетной полосе, выкатился за ее пределы. Обошлось без пострадавших.

19 марта 2002 года в Новосибирске совершил аварийную посадку самолет Ту-154 авиакомпании "Сибирь". Самолет выполнял рейс 3272 по маршруту Владивосток-Новосибирск. На его борту находились 10 человек экипажа, 74 пассажира и 22,5 тонны груза. После вылета самолета из аэропорта "Кневич" (Владивосток) на взлетно-посадочной полосе были обнаружены куски резины от колеса шасси. Об этом сразу было сообщено в новосибирский аэропорт "Толмачево". Аварийно-спасательные службы новосибирского аэропорта подготовились к встрече самолета, и посадка прошла благополучно....