28 мая 2008 года авиакомпания "Атлант-Союз" перенесла плановые вылеты пяти чартерных рейсов на срок более 8 часов. Причиной задержки вылетов воздушных судов авиакомпании стало отсутствие у поставщика ГСМ - ТОАП (Торговый дом "Топливное обеспечение аэропортов") - необходимых объемов авиатоплива на складах в международном аэропорту "Внуково" (при этом все финансовые обязательства перед поставщиком авиакомпания выполняет в согласованные сторонами сроки).

Авиакомпания была предупреждена накануне, 27 мая 2008 года, о невозможности обеспечить заправку воздушных судов из-за физического отсутствия ГСМ. Авиакомпания направила официальные обращения к заказчикам-туроператорам о переносе времени вылетов и необходимости оповещения пассажиров. В данный момент все службы авиакомпании и аэропорта "Внуково" обеспечивают прибывших ранее на рейсы пассажиров питанием, а при необходимости размещением в гостинице.

В настоящий момент руководство авиакомпании оценивает материальные и репутационные издержки из-за сбоев в поставке топлива и вызванные данным фактом переносы рейсов и рассматривает возможность направления иска поставщику.

Авиакомпания "Атлант-Союз" приносит свои извинения пассажирам за задержки рейсов и сделает все необходимое, чтобы данный единичный случай не повторился вновь.

8 июня 2008 года авиакомпания "Атлант-Союз" празднует свое 15-летие. С 1999 года является официальным перевозчиком Правительства Москвы. Парк пассажирских самолетов авиакомпании состоит из Ту-154М, Ил-86, Боинг-737-300 и Эмбраер-120. Базовым аэропортом авиакомпании является аэропорт Внуково.

Авиакомпания является лауреатом национальной авиационной премии "Крылья России-2008" в номинациях: "Авиакомпания года - пассажирский перевозчик на внутренних воздушных линиях в группе III (объем пассажирских перевозок на ВВЛ от 0,2 до 0,5 млрд. пассажиро-километров)" и "Авиакомпания года - пассажирский перевозчик на международных воздушных линиях в группе I (объем пассажирских перевозок на МВЛ более 1 млрд. пассажиро-километров)"....