С 25 октября 2015 года "Якутия" перешла на зимнее расписание полетов, которое будет действовать до 26 марта 2016 года включительно. По сравнению с зимним расписанием прошлого года маршрутная сеть и частота полетов "Якутии" в новом зимнем сезоне отличаются большей интенсивностью и максимальной оптимизацией стыковок.

Маршрутная сеть "Якутии" охватывает свыше 54 направлений по России, странам СНГ, Европы и Азиатско-Тихоокеанского региона, выстроенных на базе четырех авиатранспортных узлов в Москве (Внуково), Краснодаре (Пашковский), Хабаровске и Якутске.

В частности, запланированы собственные рейсы в 42 пункта назначения, из них 35 пунктов в России, из которых 19 районов Республики Саха (Якутия), два - в СНГ (Таджикистан - Душанбе, Узбекистан - Ташкент), шесть международных (Китай - Пекин, Харбин, Корея - Сеул, Израиль - Тель-Авив, Чехия - Прага).

Уже можно приобрести билеты с учетом зимнего расписания из аэропорта "Внуково" до Краснодара (1 раз в неделю), Нерюнгри (2 раза в неделю) и Якутска (6 раз в неделю).

Из якутского аэропорта авиакомпания "Якутия" будет выполнять полеты в общем по 39 направлениям.

По РФ это следующие рейсы: в Анадырь (2 раза в неделю), Благовещенск (2 раза в неделю), Братск (1 раз в неделю), Владивосток (3раза в неделю), Душанбе (1 раз в неделю), Екатеринбург (1 раз в неделю), Иркутск (2 раза в неделю), Краснодар (1 раз в неделю), Красноярск (1 раз в неделю), Ленск (6 раз в неделю), Магадан (1 раза в неделю), Москва (6 раз в неделю), Нерюнгри (6 раз в неделю), Новосибирск (3 раза в неделю), Охотск (1 раз в неделю), Пекин (1 раз в неделю), Санкт-Петербург (2 раза в неделю), Сеул (1 раз в неделю), Ташкент (1 раз в неделю), Улан-Удэ (2 раза в неделю), Хабаровск (6 раз в неделю), Харбин (1 раз в неделю), Чита (1 раз в неделю).

Из базового аэропорта в городе Якутске авиакомпания предлагает пассажирам отправиться в районы Республики Саха (Якутия) по следующим маршрутам: Батагай (3 раза в неделю), Белая Гора (1 раз в неделю), Депутатский (1 раз в неделю), Жиганск (2 раза в неделю), Зырянка (2 раза в неделю), Мома (2 раза в неделю), Нюрба (3 раза в неделю), Олекминск (6 раз в неделю), Оленек (2 раза в неделю), Полярный (1 раз в неделю), Саскылах (2 раза в неделю), Среднеколымск (2 раз в неделю), Сунтар (3 раза в неделю), Тикси (3 раза в неделю), Усть-Нера (3 раза в неделю), Черский (2 раза в неделю) и Чокурдах (2 раза в неделю).

Из Братска в Красноярск (1 раз в неделю), Якутск (1 раз в неделю).

Из Иркутска в Нерюнгри (1 раз в неделю), Олекминск (1 раз в неделю), Ташкент (1 раз в неделю), Читу (1 раз в неделю), Якутск (5 раз в неделю).

Из города Краснодар (аэропорт "Пашковский") будут выполняться рейсы Магадан (1 раз в неделю), в Москву (1 раз в неделю), Нерюнгри (1 раз в неделю), Новосибирск (1 раз в неделю), Прага (1 раз в неделю), Тель-Авив (1 раз в неделю), Якутск (1 раз в неделю).

Из Красноярска (аэропорт "Емельяново")  в Братск (1 раз в неделю), Якутск (1 раз в неделю).

Из Магадана (аэропорт "Сокол")  в Анадырь(1 раз в неделю), Краснодар (1 раз в неделю), Новосибирск (1 раз в неделю), Якутск (1 раз в неделю).

Из Нерюнгри (аэропорт "Чульман") в Иркутск (1 раз в неделю), Краснодар (1 раз в неделю), Москву (2 раза в неделю), Новосибирск (2 раза в неделю), Хабаровск (2 раза в неделю) и Якутск (6 раз в неделю).

Из Новосибирска (аэропорт "Толмачево") в Екатеринбург (1 раз в неделю), Краснодар (1 раз в неделю), Магадан (1 раз в неделю), Нерюнгри (2 раза в неделю) и Якутск (3 раза в неделю).

Из Хабаровска (аэропорт "Новый") в Анадырь (1 раз в неделю), Благовещенск (2 раза в неделю), Мирный (1 раз в неделю), Оху (3 раза в неделю), Нерюнгри  (2 раза в неделю) и Якутск (6 раз в неделю)....