18 июля 1963 года Приказом Главного управления Гражданского воздушного флота был организован Магаданский объединенный авиаотряд, выполнявший авиаперевозки пассажиров, почты и грузов на территории региона.

В него вошли 185-й летный отряд 3-го класса, состоявший из двух эскадрилий тяжелых поршневых самолетов и одной эскадрильи легких самолетов и вертолетов, Ан-2, Ми-1, Ми-4, и аэропорт 2-го класса "Магадан-56".

По мере развития региона численность Магаданского авиаотряда и включенных в него подразделений увеличивалась. В 1964 году в его составе был организован 258-й летный отряд из двух эскадрилий самолетов и вертолетов с базированием в аэропорту на 13 километре. А в 1970-е годы в состав Магаданского авиаотряда были включены 181-й летный отряд и приписанные аэродромы "Чайбуха" (бывший "Гижига"), "Сусуман" (бывший "Берелех") и "Синегорье".

К началу 1990-х годов в международном аэропорту Магадан принимали большинство отечественных самолетов, включая Ту-204-100, Ан-72, Ан-74, а также Боинг-727.

Перестроечные годы и переход экономики на рыночные отношения повлекли за собой структурные изменения. Летом 1991 года Магаданский объединенный авиаотряд был реорганизован, а на его основе созданы отдельные государственные предприятия: аэропорты, авиакомпании разного типа и центры технического обслуживания. Правопреемником Магаданского объединенного авиаотряда стал аэропорт Магадан.